La CAPI es una organización indígena originaria autónoma y representativa, que se conforma de 14organizaciones de Pueblos Indígenas del Paraguay, de las dos regiones del país: Oriental y Occidental o Chaco. Los objetivos de la organización, según describen sus estatutos, son entre otros, la defensa de los derechos colectivos e individuales de los Pueblos Indígenas del Paraguay; el aunar esfuerzos entre las organizaciones y/o asociaciones para la vigencia plena de las garantías legales y el cumplimiento establecido por la Constitución Nacional, como también en los convenios internacionales, la articulación de acciones con otras organizaciones indígenas tanto nacionales como internacionales a fin de fortalecer la unidad de los Pueblos Indígenas en el mundo, y la defensa de los derechos e intereses de las organizaciones y/o asociaciones miembro y a través de estas a las comunidades indígenas de todo el país.
La CAPI aglutina a las siguientes 14 organizaciones indígenas representativas de las Regiones Oriental y Occidental de la República del Paraguay:
Región Occidental
Coordinadora de Líderes Indígenas del Bajo Chaco (CLIBCH). Representa a 60 Comunidades Indígenas Enxet Sur, Angaite, Sanapana, Nivaclé y Toba Qom del Bajo Chaco, Departamento Presidente Hayes.
Unión de Nativos Ayoreo del Paraguay-UNAP. Representa a 12 Comunidades Indígenas del Pueblo Ayoreo de los Departamentos de Alto Paraguay y Boquerón.
Comisión de Pueblos y Comunidades Indígenas del Chaco Paraguayo-CPI Chaco, organización que núclea a Líderes indígenas de los 3 Departamentos del Chaco: Presidente Hayes, Boquerón y Alto Paraguay.
Federación Regional Indígena del Chaco Central. Representa a 11 Comunidades Indígenas del pueblo Nivaclé, Enhlet, Sanapaná. Departamentos de Boquerón y Presidente Hayes.
Organización Payipie Ichadie Totobiegosode- OPIT. Representa a 2 Comunidades Indígenas del Departamento de Alto Paraguay.
Organización Pueblo Enxet Norte- OPEN. Representa a 14 Comunidades Indígenas de los Departamentos de Boquerón y Presidente Hayes.
Asociación Angaité de Desarrollo Comunitario-ASADEC. Representa a 14 Comunidades Indígenas-zona de La Patria, Departamento Presidente Hayes.
Región Oriental:
Asociación de Comunidades Ava Guaraní del Alto Paraná- ACIGAP. Representantes de 32 Comunidades Indígenas del Departamento de Alto Paraguay.
Asociación de Comunidades Indígena Ava Guaraní de Alto Canindeyú. Representantes de 25 Comunidades Indígenas del Departamento de Canindeyú.
Asociación de Comunidades Indígena Mbya Guaraní Che‘íro Ara Poty - Representantes de 4 Comunidades Mbya Guaraní del Departamento de Caaguazú.
Asociación de Comunidades Indígenas Mbya Guaraní de Itapúa-ACIDI. Representantes de 20 Comunidades Indígenas del Departamento de Itapúa.
Asociación de Comunidades Indígenas Mbya Guaraní “Tekoa Yma Jehe’a Pavë”. Representantes de 25 Comunidades Indígenas del Departamento de Caazapá.
Asociación Indígena Päi Tavytera-Reko Päve. Representantes de 20 Comunidades Indígenas, zona de Capitán Bado, Departamento de Amambay.
Asociación de Maestros Indígenas Mbya Guaraní, Departamento de Caaguazú.
Desde su nacimiento, hasta la actualidad, la organización mantiene un contacto directo y fluido con sus organizaciones de base a través de visitas periódicas a las organizaciones, y la organización de eventos de convocatoria amplia, en la temática de los Derechos de los Pueblos Indígenas.
Asimismo, la organización tiene un representante permanente en la Organización de los Estados Americanos, en el proceso de formulación de la Declaración Americana de los Derechos de los Pueblos Indígenas.